По умолчанию ProFTP устанавливается с кодировкой UTF8, для того чтобы “подружить” ваш FTP сервер с  Windows необходимо в ваш файл конфига /etc/proftpd/proftpd.conf  добавить перекодировку из utf-8 в CP1251. Добавляем следующее:

{IfModule mod_lang.c}

UseEncoding utf8 cp1251

{/IfModule}

Примечание: скобки замените  { и } замените на < и >